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La FLACSO México se establece en 1975 mediante un acuerdo entre el Gobierno Mexicano y la Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales (Flacso), e inicia sus actividades académicas en 1976. A lo largo de cuarenta y tres años, la FLACSO México ha participado en la formación de profesionales y académicos, ha realizado aportaciones destacadas al análisis de problemas relevantes de la región y se ha consolidado como institución de excelencia académica en la que convergen estudiantes de diversos países y colaboran destacados especialistas de instituciones afines de México y de otros países del mundo. Con el compromiso de ser una institución líder en la generación, enseñanza y difusión del conocimiento de las ciencias sociales con una dimensión latinoamericana, la FLACSO México se propuso participar en la definición de las agendas académica y pública, a partir del análisis de los principales dilemas, retos y oportunidades que enfrentan las sociedades contemporáneas. La FLACSO México es una de las sedes Académicas de la Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales, integrada por 15 unidades (Sedes, Programas y Proyectos), asentadas en distintos países de Latinoamérica. La Asamblea General es el máximo órgano de gobierno de la Flacso y está compuesta por representantes de todos los Estados Miembros del Acuerdo General de la Flacso. Sus reuniones ordinarias se realizan cada dos años, en distintos países de la región. Asimismo, FLACSO México es miembro pleno del Comité Directivo.